Η Ευγενία Φωτονιάτα είναι απόφοιτος του τμήματος Χημικών Μηχανικών του Εθνικού Μετσόβιου Πολυτεχνείου και κάτοχος διδακτορικού τίτλου στην Οικονομική Επιστήμη από το Οικονομικό Πανεπιστήμιο Αθηνών.
Πραγματοποίησε μεταπτυχιακές σπουδές στη Διεθνή Οικονομική και Χρηματοδοτική στο Οικονομικό Πανεπιστήμιο Αθηνών, στην Επιστήμη των Υλικών στο Εθνικό Μετσόβιο Πολυτεχνείο, καθώς και στην Πολιτιστική Πολιτική & Διαχείριση στο Πάντειο Πανεπιστήμιο.
Επί σειρά ετών εργάστηκε στον ιδιωτικό και δημόσιο τομέα στο πεδίο του στρατηγικού σχεδιασμού και υλοποίησης αναπτυξιακών έργων και δημόσιων επενδύσεων.
Από τον Μάρτιο του 2015 έως και τον Ιούνιο του 2019 διετέλεσε Ειδική Γραμματέας ΕΣΠΑ στο Υπουργείο Οικονομίας και Ανάπτυξης με αρμοδιότητά της τον συντονισμό και τη διαχείριση των Τομεακών Προγραμμάτων «Υποδομές Μεταφορών, Περιβάλλον και Αειφόρος Ανάπτυξη 2014-2020», «Ανταγωνιστικότητα, Επιχειρηματικότητα, Καινοτομία 2014-2020» και των διασυνοριακών Προγραμμάτων Interreg.
Το ίδιο διάστημα διετέλεσε μέλος του ΔΣ της ΕΤΒΑ ΒΙ.ΠΕ Α.Ε.
Από το 2019 είναι Συντονίστρια του Κύκλου Οικονομικής και Κοινωνικής Ανάλυσης του Ινστιτούτου Εναλλακτικών Πολιτικών «ΕΝΑ».